几个小伙伴，因创业的需要，在成立公司之前，就如何发起、各自的权利义务等相关事宜作出约定并签订协议，法律上称为股东投资协议或股东协议。公司章程则是公司发起股东制订的，调整公司内部组织关系和经营行为的自治规则。
一、两者之间的不同之处
1、性质不同。股东协议属于任意性文件，并非设立公司的必备文件；而公司章程是公司法规定的公司设立的必备文件。
2、内容不同。股东协议的内容一般是发起股东约定在公司设立过程中的各自的权利义务，但也可能会涉及到公司的管理、决策机制、分红、公司解散等其他包含了公司章程约定事项的内容。公司章程的内容一般体现了法律对公司内外关系的强制性要求，公司章程如果缺少了法定记载事项，将会导致无效。
3、效力不同。股东投资协议通常是公司设立前，由全体投资人所共同参与订立的协议，主要作用在于表明发起人设立公司的目的、确定公司的基本性质和结构，以及分配和协调发起人之间的权利义务关系，其协议本质应属于合同。公司章程则受《公司法》调整，在公司设立后，基本属于公司的“宪章性”文件。公司章程的效力及于“公司、股东、董事、监事、高级管理人员”。根据商事外观主义的基本原理，公司章程具有一定程度的涉他性，对处理公司与债权人等关系具有一定的调整效力。
因此，股东协议与公司章程是两种在本质存在不同的协议，两者之间是相互平行而非前后承接的法律关系。
二、股东协议在公司成立之后仍可能有效
在股东协议中，既有调整公司设立完成之前的事项，同时又可能有调整公司成立后股东之间、公司与股东之间的权利义务关系，以及公司治理结构的内容。因各种原因，其中许多内容并未被纳入或不便纳入公司章程之中。在实践当中，由于工商窗口人员的把控，很多章程的自治性条款无法真正落实到工商登记的章程中。股东们只能通过协议方式将相关内容另行约定。现在，很多投资者们越来越重视股东协议，股东协议也逐步成为投资股东之间的必备文件。因此，股东协议实际承担了公司章程之外的规则性协议的功能。在公司完成工商登记设立后，股东协议仍具有法律效力，其中涉及公司成立后的股东之间、股东与公司之间的权利义务关系的协议内容，只要未违反法律强制性规定，对各股东仍具有约束力。
三、股东协议与公司章程出现冲突如何处理
公司章程是公众法律文件，对公司股东以外的债权人以及其他社会公众而言是其赖以了解公司的基本依据，但仍是股东之间的一种契约国。股东们仍可以通过其他约定来否定公司章程当中的约定。当公司章程和股东协议两者在约定上产生冲突时，如果是涉及到解决股东之间的问题，如公司章程无相反规定，则应适用股东协议的约定；在公司章程有相反规定时，应当根据实际情况进行区分，看股东的真实意思是什么，以股东的真实意思为准。
公司章程作为公众性法律文件，是公司债权人以及其他社会公众了解公司的基本依据。而股东协议并非工商登记必备文件，又无须经过对外公示程序，所以股东协议并不具有“对外”效力。当公司章程和股东协议两者在约定上产生冲突时，如果是涉及到股东与第三人之间的事项时，理应适用经过登记公示的公司章程来处理，而不能适用股东协议。只有在公司章程规定不明或是无相关规定时，才可能考虑补充适用股东协议。